Les fleurs sont disposées à l'aisselle des feuilles par une à trois sur des pédoncules non ramifiés chez Clinopodium acinos et Clinopodium alpinum, sur des pédoncules ramifiés dans les autres espèces. La lèvre inférieure de la corolle est trilobée, le lobe médian étant plus grand que les deux autres. La lèvre supérieure est plus ou moins redressée. Le tube de la corolle est bien long que le calice qui se termine par cinq dents regroupées en deux lèvres. Les étamines ont des filets arqués qui se rapprochent sous la lèvre supérieure de la corolle.